Cepas REP – reincidentes, emergentes e persistentes
O que são as ‘cepas REP’ e por que elas preocupam
Pesquisadores dos Centros de Controle e Prevenção de Doenças dos Estados Unidos (CDC), da Food and Drug Administration (FDA) e do Food Safety and Inspection Service do Departamento de Agricultura dos EUA (USDA-FSIS) apresentaram, em conjunto, um framework formal para identificar e investigar cepas bacterianas responsáveis por doenças transmitidas por alimentos ao longo de períodos prolongados e não apenas durante surtos isolados. O objetivo declarado é aprimorar as estratégias de prevenção e reduzir a carga geral de doenças de origem alimentar nos Estados Unidos.
O trabalho foi publicado na revista Food Microbiology e representa o primeiro artigo revisado por pares a formalizar, de maneira estruturada, o conceito de cepas REP (Reoccurring, Emerging, and Persisting — reincidentes, emergentes e persistentes). Embora o conceito já viesse sendo utilizado informalmente pelas agências por vários anos, por meio da Interagency Foodborne Outbreak Response Collaboration, esta é a primeira vez que a metodologia é apresentada de forma sistemática à comunidade científica.
O que define uma cepa REP
Segundo o framework, as cepas REP são classificadas de acordo com o padrão temporal das doenças que causam:
- Cepas reincidentes (reoccurring): associadas a surtos periódicos ao longo do tempo, que aparecem e desaparecem em intervalos relativamente previsíveis.
- Cepas emergentes (emerging): apresentam incidência crescente de casos, sinalizando uma ameaça em expansão.
- Cepas persistentes (persisting): causam doenças de forma consistente e contínua ao longo de períodos prolongados, sem necessariamente se manifestar como surtos agudos e delimitados.
Essa categorização é relevante porque a grande maioria das doenças de origem alimentar não é identificada como parte de um surto reconhecido. De acordo com o estudo, surtos agudos respondem por menos de 10% das doenças reportadas à rede PulseNet do CDC. Isso significa que a maior parte dos casos permanece sem uma fonte identificada, o que historicamente limitou as oportunidades de intervenção por parte das autoridades de saúde pública.
O papel do sequenciamento genômico completo (WGS)
O avanço do sequenciamento genômico completo (whole genome sequencing — WGS) foi apontado como o elemento tecnológico que viabilizou essa nova abordagem. A ferramenta permite identificar cepas bacterianas geneticamente relacionadas que causam doenças por períodos muito mais longos do que os surtos tradicionais, possibilitando conectar casos de doença a fontes alimentares, animais, ambientais ou hídricas comuns, além de rastrear a movimentação dos patógenos entre diferentes reservatórios ao longo do tempo.
Seis estudos de caso apresentados pelos pesquisadores
Para ilustrar a aplicação prática do framework, os autores apresentaram seis cepas REP atualmente monitoradas por agências regulatórias e de saúde pública dos EUA por meio da rede PulseNet:
- STEC O157:H7 REPEXH02: cepa reincidente ligada a múltiplos surtos associados a alface romana cultivada na Califórnia e a fontes de água agrícola contaminada, com 358 casos de doença desde 2016.
- Salmonella Typhimurium REPJPX02: cepa reincidente responsável por surtos repetidos ligados ao contato com ouriços-cacheiros (hedgehogs) de estimação, totalizando 180 casos em 42 estados desde 2012.
- Salmonella Newport REPJJP01: cepa emergente e multirresistente a antibióticos, associada a produtos de carne bovina e laticínios, particularmente entre viajantes ao México ou consumidores de carne e laticínios de origem mexicana, com mais de 3.200 casos identificados em todos os 50 estados desde 2015.
- Salmonella Reading REPJLG01: cepa emergente e multirresistente, ligada a produtos de peru e a ambientes de produção de peru, responsável por 855 casos reportados desde 2012.
- Listeria monocytogenes REPGX601: cepa persistente possivelmente associada a batatas, com 88 casos desde 2011; investigações extensas não identificaram uma fonte definitiva.
- Salmonella Infantis REPJFX01: cepa persistente e multirresistente, provavelmente originária da América do Sul e ligada principalmente a produtos de frango cru, responsável por quase 4.000 casos desde 2012. Embora não haja um surto associado a frango identificado desde 2019, a cepa causa entre 500 e 600 infecções humanas por ano e permanece prevalente na produção avícola.
Evidências de que a vigilância de cepas REP pode prevenir doenças
Um dos achados mais relevantes do estudo é que intervenções direcionadas a reservatórios animais ou ambientais foram seguidas de quedas substanciais no número de doenças humanas, o que sugere que identificar e monitorar cepas REP pode, de fato, ajudar a prevenir infecções antes que ocorram.
Dois exemplos citados:
- A cepa S. Reading REPJLG01 apresentou declínio após a implementação de intervenções na produção de peru.
- Mudanças no uso da água agrícola e do solo resultaram em menos casos de STEC REPEXH02.
Necessidade de análises genômicas mais avançadas e colaboração intersetorial
Os pesquisadores destacaram que os métodos tradicionais de detecção de surtos podem não identificar cepas REP que ocorrem abaixo dos limiares padrão de detecção de clusters, ou que apresentam maior diversidade genética do que surtos convencionais. Por isso, os autores defenderam o desenvolvimento de novos algoritmos de detecção capazes de analisar grandes conjuntos de dados genômicos, o que poderia melhorar a identificação de cepas REP ainda não reconhecidas.
Além da análise genômica, o estudo pediu uma colaboração ampliada entre agências de saúde pública, reguladores, universidades e a indústria, com o objetivo de compreender melhor como os patógenos persistem em animais e no ambiente, como se movem através dos sistemas agrícolas e como, finalmente, chegam a infectar pessoas.
Os autores concluíram que investigar cepas REP pode fornecer informações valiosas sobre os fatores que impulsionam as doenças esporádicas de origem alimentar, apoiando estratégias mais amplas de prevenção voltadas à redução de doenças de origem alimentar, zoonótica e hídrica.
O que outras fontes dizem sobre o tema
Vale destacar como o conceito de cepas REP tem aparecido em outras publicações e fontes oficiais:
CDC (página oficial sobre cepas REP). O próprio CDC mantém, desde 2019, uma página dedicada à identificação e ao monitoramento de cepas Reincidentes, Emergentes e Persistentes de patógenos entéricos como Salmonella, E. coli O157:H7, Listeria e Campylobacter. Segundo a agência, essas cepas são identificadas com base no número de doenças e surtos associados, na tendência de aumento das infecções e em características específicas da cepa, como resistência a múltiplos antibióticos e maior virulência ou transmissibilidade. Fontes já associadas a cepas REP incluem folhas verdes, batatas, queijo, frango, peru e bovinos (carne e leite).
Estudo sobre a Salmonella Infantis REPJFX01 (Journal of Food Protection). Uma publicação de pesquisadores do CDC e do USDA-FSIS, usando dados de 2003 a 2023 da rede PulseNet e de programas de amostragem do USDA-FSIS, mostrou que as tendências de infecções humanas por REPJFX01 e a prevalência da cepa em carcaças de frango estiveram fortemente alinhadas ao longo do tempo, com aumento estatisticamente significativo a partir de 2016 e sem defasagem temporal detectável entre o aumento da contaminação em frangos e o aumento de casos humanos. Em 2023, a cepa já respondia por 97% dos isolados de S. Infantis e por 21% de toda a Salmonella recuperada de carcaças de frango nos EUA. A taxa de hospitalização associada à cepa é de aproximadamente 30%, comparável à de cepas historicamente mais virulentas, como S. Enteritidis e S. Typhimurium. A cepa carrega um plasmídeo do tipo pESI, associado a maior tolerância a desinfetantes oxidantes (como peróxido de hidrogênio) e a maior capacidade de formar biofilmes, características que dificultam sua eliminação por métodos de sanitização convencionais.
Pesquisa sobre STEC O157:H7 em folhas verdes (ScienceDirect). Estudos publicados sobre as cepas REPEXH01 e REPEXH02 mostraram que essas linhagens de E. coli O157:H7, historicamente associadas à carne bovina malcozida, passaram a ser cada vez mais associadas a surtos ligados a folhas verdes nos Estados Unidos. Entre 2017 e 2020, múltiplos surtos multiestaduais foram relacionados a alface romana e a misturas de folhas verdes contaminadas, incluindo um surto na primavera de 2018 (210 infecções, 96 hospitalizações e 27 casos de síndrome hemolítico-urêmica) e surtos no outono de 2018 e 2019 (229 infecções, 110 hospitalizações e 17 casos da síndrome). O sequenciamento genômico completo revelou que os isolados desses surtos formavam dois grandes clusters, posteriormente caracterizados como cepas REP, sendo que a REPEXH01 mostrou estreita relação genética com a cepa do surto de espinafre de 2006.
Revisão em Nature Reviews Microbiology. Um artigo de revisão sobre abordagens genômicas para patógenos alimentares bacterianos cita diretamente a página do CDC sobre cepas REP como referência central para discutir como o sequenciamento genômico tem ampliado a compreensão de ameaças alimentares tanto persistentes quanto emergentes em um contexto de sistemas alimentares globais em constante mudança.
Publicações do USDA-FSIS. O USDA-FSIS lista, em seu repositório de publicações científicas, estudos relacionados a tendências de cepas REP especificamente em humanos e em frangos, reforçando que o tema é tratado como prioridade contínua de pesquisa e vigilância interagências, inclusive nas reuniões do National Advisory Committee on Microbiological Criteria for Foods (NACMCF), que discute se modelos e tecnologias baseados em genômica podem ser adaptados para incluir subtipos patogênicos emergentes e cepas REP em produtos regulados pela agência.
Revisão independente dos processos de resposta a surtos da FDA. Um relatório de revisão independente sobre os processos de resposta a surtos da FDA já reconhecia, mesmo antes da formalização atual do framework, que determinadas cepas patogênicas vinham causando problemas reincidentes, emergentes e persistentes de segurança alimentar, com destaque especial para surtos de E. coli produtora de toxina Shiga associados a vegetais de folhas verdes, o que levou à criação da rede CORE (Coordinated Outbreak Response and Evaluation) da FDA, em articulação com o CDC.
Referência:
